RNA测序分析

RNA在肿瘤方面的应用

随着NGS技术的广泛应用,癌症相关的转录组学数据日益增加。研究癌症基因表达模式变化,
挖掘与癌症相关的分子标记物,是RNA在肿瘤方面的最主要应用。

合作单位及内容

目前海普洛斯与中科院、深圳大学等单位建立了合作关系。

中国科学院深圳大学
基因表达

1.基因表达

一些基因的异常表达与癌症的发生紧密相关,由于基因本身的变异或过表达,促使了原癌基因的激活或者抑癌基因的失活,影响了细胞的生长和分化,从而导致癌症的发生。对于基因差异表达的分析能够发现一组在正常样本和患病样本中表达不同的基因,为生物工作者进行实验验证提供候选基因。

基因融合

2.基因融合

基因融合是指两个基因的全部或一部分的序列,相互融合为一个新的基因的过程,形成融合基因的机制较为复杂:包括染色体易位、中间缺失、染色体倒置以及反式剪切等多种机制。目前基因融合的研究主要集中在癌症的研究中,比如,白血病、前列腺癌、乳腺癌等,研究表明融合基因与癌症的发生发展有很大关联,参与融合的基因常常是一些原癌基因。

SNP & InDel

3.SNP & InDel

SNP 全称Single Nucleotide Polymorphisms,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。

InDel (insertion-deletion)是指相对于参考基因组,样本中发生的小片段的插入缺失,是DNA结构变异种最常见的形式之一。

SNP和InDel的变化可以导致细胞和组织生长异常,这就是肿瘤的表型特征。

circos图

circos图的环为染色体,环里面的每条线为一个融合基因,线的两端为融合位置。绿色线条表示染色体内(intrachromosomic)的融合。
circos图可以直观看出基因融合的情况,对癌症靶向治疗起到指导作用。

circos图