转录调控测序

circRNA 测序

circRNA 是一类区别于传统线性RNA的非编码RNA分子,呈闭合环状结构,对RNase R不敏感,比线性RNA更加稳定。circRNA 具有进化保守性,表达具有组织和时空特异性。circRNA 功能众多,可作为 miRNA 的海绵,竞争性结合miRNA,发挥 ceRNA 的调控功能,调控基因表达。近年来还发现与疾病的发生和发展密切相关,在疾病诊断标记物等方向具有很大的应用前景。

技术路线

技术路线

服务内容 & 样本要求

项目周期

项目周期

30天(自然日)
测序平台及策略

测序平台及策略

Hiseq PE150/NovaSeq6000 PE150
测序数据量

测序数据量

去rRNA链特异文库≥12G
去线性RNA链特异文库6-8G
样本类型 样品量需求 无降解RNA
组织 ≥1g 总量≥5μg,浓度≥150ng/μl
OD260/280=1.8~2.2
RIN ≥6.5,28S/18S≥1.0
细胞 ≥107
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circRNA 经典案例解析

circBIRC6 参与干细胞多能性调控(Nature Communications)

越来越多的证据表明环状RNAs(circRNAs)在人体内转录丰富。然而,它们参与生物过程,包括多能性,仍然不清楚。我们在未分化的人类胚胎干细胞(hESCs)中鉴定了一系列的富含的circRNAs,并证明了其中两种,circBIRC6和circCORO1C在功能上与细胞多能状态相关。我们发现circBIRC6在AGO2复合物中富集,并直接与miR-34a和miR-145相互作用,而它们已知在调节维持多能性的靶基因中起作用。相应地,circBIRC6减弱这些靶基因的下调并抑制hESC分化。我们进一步确定富含hESC的剪接因子(SF),以及证明circBIRC6在胚胎干细胞中的生物发生被SF ESRP1所促进,SFESRP1表达由核心多能性相关因子OCT4和NANOG控制。总的来说,我们的数据表明,circRNA作为一种microRNA“海绵”来调节分子通路,调节人类多能性和分化。

circRNA 经典案例解析

参考文献:

Yu CY, Li TC, Wu YY, et al. 2017. The circular RNA circBIRC6 participates in the molecular circuitry controlling human pluripotency. Nature Communications,2017, 8:1149.

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