转录调控测序

SmallRNA 测序

Small RNA 是 一 类 长 度 18-30nt 的 非 编 码 RNA,主 要 包 括microRNA(miRNA)、small interfering(siRNA)、piwi-interacting RNA(piRNA) 三大类。Small RNA 测序是基于高通量测序平台,研究特定组织在特定状态下的所有已知Small RNA,也可预测新的 Small RNA 及其靶标基因,为研究 Small RNA 的功能及基因调控机制提供有力手段。

技术路线

技术路线

服务内容 & 样本要求

项目周期

项目周期

30天(自然日)
测序平台及策略

测序平台及策略

Illumina Hiseq平台
测序数据量

测序数据量

10M/20M clean reads
样本类型 样品量需求 样品纯度需求
完整无污染的总RNA 总量≥2.5μg,浓度≥150ng/μL RIN ≥6.5,28S/18S≥1.0

Small RNA测序案例解析

人工新合成异源六倍体小麦异源多倍化过程中杂种优势形成的动态同源基因调控机理 (The Plant Cell)

运用转录组和small RNA 测序揭示人工新合成异源六倍体小麦异源多倍化过程中杂种优势形成的动态同源基因调控机理, 发现异源六倍体小麦通过近缘物种间杂交和染色体加倍形成后,把杂种优势固定于六倍体小麦中。本研究通过对人工合成异源六倍体小麦及其亲本转录本和small RNA 表达水平比较分析,发现在新合成的异源六倍体小麦中,亲本表达显性基因在小麦杂种优势中可能发挥重要作用,并表现出明显的基因表达水平上的基因组亚功能化,为进一步在新合成异源六倍体小麦中快速筛选亲本优异基因提供了新策略。

Small RNA测序案例解析

参考文献:

Li A, Liu D,Wu J, et al.2014.mRNA and small RNA transcriptomes reveal insights into dynamic homoeolog regulation of allopolyploid heterosis in nascent hexaploidwheat.The Plant Cell,26(5):1878-1900.

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