转录调控测序

Transcriptional regulatory sequencing

转录组测序

转录组测序(mRNA-Seq)是使用高通量测序技术,在给定时刻从一个基因组中,揭示 RNA 的存在和数量的一个快照的技术,为生命科学研究提供了全新的角度,可用于预测基因结构、可变剪切和其他转录修饰,并可定量测定每个转录本在生长过程中和不同条件下表达水平的变化。

技术路线

技术路线

RNA测序在肿瘤方面的应用

随着NGS技术的广泛应用,癌症相关的转录组学数据日益增加。研究癌症基因变化,挖掘与癌症相关的分子标记物,是RNA在肿瘤方面的最主要应用。

基因表达

1.基因表达

一些基因的异常表达与癌症的产生紧密相关,由于基因的本身的变异或过表达,促使了原癌基因的激活或者抑癌基因的失活,影响了细胞的生长和分化,从而导致癌症的产生。对于基因的差异表达的分析能够发现一组在正常样本和患病样本中表达不同的基因,为生物工作者进行实验验证提供候选基因。

基因融合

2.基因融合

基因融合是指两个基因的全部或一部分的序列,相互融合为一个新的基因的过程,形成融合基因的机制较为复杂:包括染色体易位、中间缺失、染色体倒置以及反式剪切等多种机制。目前基因融合的研究主要集中在癌症的研究中,比如,白血病、前列腺癌、乳腺癌等,研究表明融合基因与癌症的发生发展有很大关联,参与融合的基因常常是一些原癌基因。

SNP & InDel

3.SNP & InDel

SNP 全称Single Nucleotide Polymorphisms,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。

InDel (insertion-deletion)是指相对于参考基因组,样本中发生的小片段的插入缺失,是DNA结构变异种最常见的形式之一。

SNP和InDel的变化可以导致细胞和组织生长异常,这就是肿瘤的表型特征。

服务内容 & 样本要求

项目周期

项目周期

30天(自然日)
测序平台及策略

测序平台及策略

HiSeq X ten PE150
NovaSeq 6000
测序数据量

测序数据量

6G/8G/10G/12G
样本类型 样本要求 备注
动物/植物样本 总量≥3μg,浓度≥50ng/μL OD260/280≥1.8,RIN ≥7,28S/18S≥1.0
人肿瘤组织 肿瘤手术样本:肿瘤组织≥50mg;
穿刺样本:2针以上
以上要求,肿瘤组织占比≥20%,坏死组织区域小于10%
运输要求:干冰运输

转录组测序案例解析

PTPRZ1-MET 融合基因在继发性胶质母细胞瘤中的表达(Genome Research)

该研究利用转录组测序技术,对272个WHO二级、三级和四级胶质瘤的转录本融合进行分类。发现融合基因在恶性胶质瘤、典型的胶质瘤亚型以及放射/替莫唑胺治疗的胶质瘤中更为常见。67个帧内融合转录子,包括3个复发的融合转录子:FGFR3-TACC3、RNF213-SLC26A11和PTPRZ1-MET(ZM)。研究描绘了胶质瘤进展过程中的RNA变化。

转录组测序案例解析

参考文献:

Bao Z S, Chen H M, Yang M Y, et al. RNA-seq of 272 gliomas revealed a novel, recurrent PTPRZ1-MET fusion transcript in secondary glioblastomas.[J]. Genome Research, 2014, 24(11):1765.

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